蘋果在十月底發表新款 iPad Pro 的同時，也推出了一款新版的 Apple Pencil。新款 Apple Pencil 有一面是平整的，可以用磁力吸附在 iPad Pro 上，並在吸附同時完成配對、充電，因此筆身上完全沒有任何接孔。
新版 Apple Pencil 有一些細節值得注意，像是雖然可以吸附在 iPad Pro 上並無線充電，但並不支援目前主流的 Qi 標準；另外，根據 MacRumors 的報導，蘋果在本週提供給各地零售商一份備忘錄，裡面寫道：「消費者可能會在初始設定完成後，覺得新款 Apple Pencil 反應遲鈍」，並提供了這類問題的解決方式。
將 Apple Pencil 與 iPad Pro 配對後，iPad Pro 會在連上網路後下載一份 Apple Pencil 更新檔，並透過藍牙傳輸至 Apple Pencil 上，約莫十分鐘後，Apple Pencil 才可正常運作；當 Apple Pencil 再一次閒置達到 60 秒時，配對更新就會開始，整個過程約需要兩分鐘，在這段時間內 Apple Pencil 將沒有反應，直到更新完成後才可運作。
因此若覺得 Apple Pencil 反應遲鈍，只要配對後將 iPad Pro 連上網路，這個狀況就可望改善。